In MDPro sono stati rimossi tutti i moduli non di base per permettere allo staff di MDPro di focalizzare tutta l'attenzione sullo sviluppo e miglioramento dei moduli di base. I moduli aggiuntivi sono comunque disponibili in pacchetti separati, permettendo all'utente di aggiungere solo quei moduli ritenuti necessari attraverso la pagina di amministrazione dei moduli.
La seguente lista indica i moduli base inclusi nel pacchetto di MDPro :
Non disattivare o cancellare mai un modulo di base dal proprio sistema: essi sono necessari a MDLite per funzionare in modo corretto. Ma se proprio si volesse minimizzare il sistema, i moduli rimovibili sono Tinymax, MDMenus ed Error.